为满足苏州及长三角地区城市轨道交通行业快速发展的人才需求，更好服务区域经济发展，2012年6月，学校在尹山湖校区成立轨道交通工程系；2017年9月，全系整体迁入国际教育园校区。

轨道交通工程系始终坚持立德树人，不断加强师资队伍建设，现有专任教师17人，其中教授1人、副教授4人，讲师10人，助理讲师2名，江苏联合职业技术学院学科带头人1名，苏州市区学科带头人2名，江苏省交通技术能手2人，具有硕士学位的教师占100%，党员教师占88%。

轨道交通工程系高度重视专业建设和人才培养，现开设城市轨道交通运营管理、城市轨道交通机电技术、城市轨道车辆应用技术五年一贯制大专专业3个，另与苏州城市学院合作开展城市轨道车辆应用技术专业高职与普通本科分段培养（5+2）试点项目1个，目前在校生约500人。

轨道交通工程系深入推进理实一体化教学，加强专业和实训基地建设，教学设施设备先进。现已建成城市轨道交通运营管理沙盘、城市轨道交通信号道岔系统、城市轨道交通车辆塞拉门系统、网络化数字演练实训室、桌面式模拟驾驶实训室、列车驾驶与检修综合实训区、城市轨道交通运营控制中心、AFC自动售检票系统、城轨车辆制动实训系统、虚拟灭火实训系统、形体礼仪实训室、机电检修实训室、江苏省中职学业水平考试轨道交通类标准化技能考点等18个现代化实训室，共计8000平方米，实训设备总值2000余万元。专业群实训基地2019年获批江苏省中等职业学校学生学业水平考试轨道交通类专业技能考核研发基地，2021年获批江苏省现代化实训基地，2022年获批江苏省轨道交通中小学职业体验中心。

近年来，全系师生团结奋斗，开拓进取，坚持以研促教，以赛促学，教研相长，目前结题教育部课题2项、省级课题3项、苏州市级课题5项，获国家专利授权8项。青年教师团队积极参加各级各类教学大赛，获国家教学大赛三等奖1项、江苏省职业院校教学大赛一等奖1项、二等奖1项；学生在省、市技能大赛、创新创业大赛、文明风采大赛等比赛中获奖达70多人次，100多名学生获得省、市各级各类荣誉或表彰。

轨道交通工程系面向城市轨道交通行业办学，深度开展校企合作，早在2006年就与苏州轨道交通集团公司进行轨道交通专业人才合作培养。并于2009年9月开始招收五年一贯制城市轨道交通运营管理专业学生。近年来，系部大力推进产教融合，先后与苏州市轨道交通集团有限公司、苏州高新有轨电车有限公司、郑州捷安高科股份有限公司、湖南高铁时代数字化科技有限公司等多家企业建立了稳定和良好的合作关系。轨道交通工程系始终坚持为党育人、为国育才，经过多年的实践探索，积累了较丰富的办学经验，形成了高度契合五年制高职学生身心发展规律和需求的“三位一体、层段融合”育人模式，育人实效显著，毕业生深受企业好评。